Szkoła metodologiczna Wokół prof. Andrzeja Hejmeja zgromadziła się grupa doktorantów zainteresowanych badaniami interdyscyplinarnymi czy też intermedialnymi. Wypromował dr Kamę Hawryszków, dra Tomasza Górnego, dr Michalinę Kmiecik, dr Katarzynę Kucię-Kuśmierską, dr Katarzynę Cudzich-Budniak, a obecnie pod jego opieką doktoryzują się m.in. Katarzyna Ciemiera i Norbert Gacek.
Publikacje Książki Muzyczność dzieła literackiego, seria „Monografie FNP", Wydawnictwo Funna, Wrocław 2001 (wyd. II: Wydawnictwo Uniwersytetu Wrocławskiego, Wrocław 2002; wyd. III: Wydawnictwo Naukowe Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu, Toruń 2012), przekład angielski: Music in Literature. Perspectives of Interdisciplinary Comparative Literature, trans. by Lindsay Davidson, seria „Polish Studies – Transdisciplinary Perspectives", Peter Lang, Frankfurt am Main, Berlin, Bern, Bruxelles, New York, Oxford, Wien 2014. Muzyka w literaturze. Perspektywy komparatystyki interdyscyplinarnej, seria „Horyzonty Nowoczesności", Universitas, Kraków 2008 (wyd. II: 2012). Komparatystyka. Studia literackie — studia kulturowe, seria „Horyzonty Nowoczesności", Universitas, Kraków 2013.