Ponadto tarnowski zakład pełnił funkcję więzienia etapowego, w którym gromadzono Polaków przywiezionych z różnych więzień i aresztów w Polsce południowo-wschodniej. Do 31 lipca 1942 skierowano tam 204 transporty z 6296 więźniami. W zakładzie przy ul. Konarskiego osadzano najczęściej więźniów przywiezionych z Nowego Sącza, Krakowa i Sanoka. Trafiały tam również transporty z Bochni, Brzeska, Dębicy, Dąbrowy Tarnowskiej, Jarosławia, Niska, Rzeszowa, a nawet z Lublina i Zamościa.
Niemcy przystąpili także do izolowania i koncentracji ludności żydowskiej, choć formalne utworzenie getta nastąpiło dopiero 19 czerwca 1942, tj. po zakończeniu pierwszej „akcji wysiedleńczej”. W pierwszych latach okupacji do Tarnowa przesiedlono tysiące Żydów z okolicznych miejscowości. Na początku czerwca 1942 dzielnica żydowska liczyła około 40 tys. mieszkańców. Tarnów stał się w ten sposób jednym z największych skupisk żydowskich w dystrykcie krakowskim Generalnego Gubernatorstwa.