Wspierała go w tych działaniach prowęgierska w tym czasie Partia Narodowa, opierał się także na mniejszości serbskiej (co sprzyjało habsburskim wpływom na Bałkanach, jednak prowadziło także do narastania antagonizmu chorwacko-serbskiego). Jednocześnie okres jego rządów w Chorwacji zaznaczył się znacznym rozwojem gospodarczym.
W maju 1903 roku jako zaufany człowiek cesarza Franciszka Józefa I objął urząd premiera Węgier. Po kilku miesiącach zdymisjonowany, w okresie od marca 1904 do stycznia 1905 minister bez teki. Od stycznia 1910 roku do kwietnia 1912 roku ponownie pełnił funkcję premiera Węgier. W lutym 1910 roku brał udział w utworzeniu Narodowej Partii Pracy, na której czele stał następnie w okresie od 1913 do 1918 roku.
Od 1893 tajny radca, a także honorowy obywatel Zagrzebia i Varaždina.
Odznaczenia i wyróżnienia Odznaczenia Khuena-Héderváry to między innymi: Order Złotego Runa Krzyż Wielki Orderu Świętego Stefana Kawaler Orderu Żelaznej Korony I klasy Medal Jubileuszowy Pamiątkowy dla Cywilnych Funkcjonariuszów Państwowych Order Zasługi Korony Pruskiej (Prusy) Order Domowy Hohenzollernów (Prusy) Krzyż Wielki Orderu Alberta (Saksonia) Wielka Wstęga Orderu Leopolda (Belgia)