Był także przewodniczącym Resortowej Komisji Orzekającej w Sprawach o Naruszenie Dyscypliny Finansów Publicznych przy Ministrze Spraw Wewnętrznych i Administracji.
Od 2010 do kwietnia 2015 przebywał w dyspozycji Komendanta Głównego SG. 4 kwietnia 2015 przeszedł na emeryturę w stopniu kapitana SG.
Przywrócony do czynnej służby, 31 grudnia 2015 został powołany na stanowisko Komendanta Głównego Straży Granicznej. 21 kwietnia 2017 został awansowany przez prezydenta RP Andrzeja Dudę do stopnia generała brygady SG..
22 stycznia 2018 został powołany na stanowisko podsekretarza stanu w Ministerstwie Obrony Narodowej. W listopadzie tego samego roku objął stanowisko sekretarza stanu w MON.
W grudniu 2019 Komisja ds. Służb Specjalnych Sejmu RP pozytywnie zaopiniowała wniosek Ministra Obrony Narodowej o powołanie Marka Łapińskiego na stanowisko szefa Służby Wywiadu Wojskowego. Został powołany na to stanowisko w styczniu 2020 jako generał brygady rezerwy Straży Granicznej.
13 sierpnia 2020 został powołany przez prezydenta RP Andrzeja Dudę na wniosek Ministra Obrony Narodowej Mariusza Błaszczaka na stopień generała brygady SWW..
W grudniu 2023 odwołany ze stanowiska szefa Służby Wywiadu Wojskowego.