By wzmocnić więzami rodzinnymi niedawno zawarty traktat pokojowy z królestwem Neapolu papież Aleksander VI zaproponował królowi Fryderykowi IV dwa małżeństwa pomiędzy Borgiami a panującą w Neapolu dynastią Trastámara: siostra Alfonsa, Sancha poślubi ma najmłodszego syna papieża Jofrego, podczas gdy Cezar Borgia ożeni się z Charlottą Aragońską, nieślubną córką króla Fryderyka. Jednakże znająca reputację Cezara Charlotta nie zgodziła się na to małżeństwo i by udobruchać papieża Fryderyk IV zaproponował małżeństwo siedemnastoletniego księcia Bisceglie z osiemnastoletnią Lukrecją.
15 lipca 1498 roku Alfonso przybył do Rzymu w przebraniu i w sześć dni później ożenił się z Lukrecją w bazylice św. Piotra podczas ceremonii, której przewodniczył papież z kardynałami po której rozpoczęła się uczta, w czasie której ludowi rzymskiemu rozdano ogromne ilości jedzenia. Posag Lukrecji był (jak na owe czasy) ogromny – czterdzieści tysięcy dukatów w nowych monetach i dwadzieścia tysięcy w klejnotach i złocie. jednym z warunków umowy pomiędzy papieżem i królem Fryderykiem IV było to, że młodzi małżonkowie pozostaną w Rzymie przynajmniej przez rok i nie zostaną zmuszeni do mieszkania na stałe w królestwie Neapolu do śmierci papieża.