Historia Centrum SDEWES powstało w 2002 roku, pierwotnie jako projekt współfinansowany z programu CORDIS w ramach programu ramowego UE FP5 – INCO 2SDEWES project funded by CORDIS (data dostępu 2015-06-17); powstanie Centrum powiązane było z pierwszą edycją konferencji tematycznej The 1st Dubrovnik Conference on Sustainable Development of Energy, Water and Environment Systems. Partnerami w projekcie były Uniwersytet w Zagrzebiu oraz Instituto Superior Técnico (Lizbona). W ślad za organizacją trzech kolejnych edycji konferencji w latach 2003, 2005 oraz 2007, Centrum SDEWES zostało zarejestrowane w roku 2009 jako niezależny podmiot prawny. Od tego czasu, już w ramach Centrum, zorganizowano jeszcze siedem edycji konferencji w latach 2009, 2011, 2012, 2013, 2014 oraz 2015.
Konferencje Do roku 2011 konferencje SDEWES były organizowane w Dubrowniku (Chorwacja) w cyklu dwuletnim. Począwszy od roku 2012 konferencja jest wydarzeniem corocznym z określoną zasadą co do jej miejsca. Co dwa lata konferencja odbywa się w Dubrowniku, natomiast w pozostałych latach organizowana jest w innym miejscu.