Od lutego 1935 pracował w Katedrze Zoologii Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego, rok później uzyskał stopień doktora habilitowanego i powierzono mu stanowisko docenta, rozpoczął wówczas prowadzenie na Uniwersytecie Warszawskim zleconych wykładów z hydrobiologii. W 1937 został wybrany na organizatora, a po roku kierownika Stacji Hydrobiologicznej w Pińsku, jednocześnie zakończył pracę w Szkole Głównej Gospodarstwa Wiejskiego. Powołano go wówczas na delegata Państwowej Rady Ochrony Przyrody na powiaty piński i łuniniecki. Po wybuchu II wojny światowej pozostał w Pińsku, wiosną 1940 został uprzedzony, że jako oficer rezerwy Wojska Polskiego jest poszukiwany przez NKWD. Początkowo przebywał na Polesiu, a po 1940 znalazł się we Lwowie, gdzie pracował jako woźny i palacz w kotłowni w Instytucie Politechnicznym. Na kilka miesięcy powrócił do Pińska, gdzie jego dawny laborant Rosjanin zapewnił mu warunki do pracy naukowej. Po wkroczeniu hitlerowców w czerwcu 1941 został zmuszony do opuszczenia stacji, zamieszkał wówczas z rodziną na przedmieściach Pińska i ukończył część prac naukowych. W czerwcu 1944 przedostał się do Krakowa, a następnie do Warszawy i został zatrudniony w Państwowym Muzeum Zoologicznym, uczestniczył w życiu konspiracyjnym w szeregach Armii Krajowej używając pseudonimu Poleski.