Na jesieni przeprowadzona ofensywa doprowadziła do zwycięstwa wojsk Unii pod Chattanoogą i wyparcia Konfederatów z Tennessee, a Grantowi – przyznanie Złotego Medalu Kongresu i stanowiska głównodowodzącego wojsk Unii (17 grudnia 1863). Inni generałowie, zarzucając generałowi alkoholizm, zwrócili się z interwencją do prezydenta. Lincoln całkowicie poparł działania Granta, twierdząc że sam zaopatrzyłby innych dowódców w alkohol, gdyby tylko byli tak sprawni jak Grant. Generał wygrał także bitwy pod Petersburgiem i Richmond, a w Appomattox przyjął kapitulację generała Roberta Lee. Zapewnił żołnierzy konfederackich, że nie będzie ich aresztował ani sądził, a także wydał im racje żywnościowe z własnych zapasów. Wiosną 1864 roku Kongres przywrócił stopień generała-porucznika (ostatnio posiadany przez George’a Washingtona) i Lincoln awansował Granta do tego stopnia, powierzając mu równocześnie funkcję naczelnego dowódcy.