Przedstawiła wówczas znacznie bardziej umiarkowany program, w którym najważniejsze były hasła niepodległościowe, a od socjalizmu publicznie się odżegnywano.
Po uzyskaniu niepodległości przez Syrię Komunistyczna Partia Syrii na krótko straciła popularność w związku ze swoim stanowiskiem w kwestii Izraela (poparła podział Palestyny na państwa żydowskie i muzułmańskie), jednak w latach 1953–1957 systematycznie zwiększała bazę swoich sympatyków. W obawie przed nadmiernym wzrostem jej znaczenia elity polityczne Syrii – zarówno starsze partie konserwatywne, jak i szybko rosnąca w siłę względnie lewicowa partia Baas – zdecydowały o zawarciu unii z Egiptem w 1958. W tak powstałej Zjednoczonej Republice Arabskiej działacze Komunistycznej Partii Syrii zostali poddani prześladowaniom. Po zerwaniu unii w 1961 komuniści syryjscy nie odzyskali już dawnego znaczenia.
Komunistyczna Partia Syrii negatywnie odniosła się do przejęcia władzy przez partię Baas w 1963, następnie jednak, zgodnie z instrukcjami z Moskwy, uznała ją za siłę postępową. Baasiści nie ufali jednak komunistom;