Publikował m.in. w: „Aparacie Represji w Polsce Ludowej 1944–1989”, „Arcanach”, „Horyzontach Polityki”, „Horyzontach Wychowania”, „Krakowskim Roczniku Archiwalnym”, „Pamięci i Sprawiedliwości”, „Zeszytach Historycznych Stowarzyszenia Żołnierzy Armii Krajowej”, „Zeszytach Historycznych WiN-u”, a także w: „Azymucie", „Biuletynie Instytutu Pamięci Narodowej”, „Gazecie Polskiej”, „Gościu Niedzielnym”, „Naszym Dzienniku”, „Nowym Państwie”, "Pamięci.pl", „Pastores", „Rzeczpospolitej” i „Tygodniku Powszechnym”. Stale współpracuje z „Dziennikiem Polskim” i „Posłańcem Serca Jezusowego”.

W październiku 2015 został członkiem Narodowej Rady Rozwoju, powołanej przez prezydenta Andrzeja Dudę.

W dniu 24 sierpnia 2016 r. dr hab. Filip Musiał objął stanowisko dyrektora Oddziału Instytutu Pamięci Narodowej w Krakowie.

17 marca 2022 prezes Instytutu Pamięci Narodowej Karol Nawrocki powołał Filipa Musiała na stanowisko dyrektora Muzeum Żołnierzy Wyklętych i Więźniów Politycznych PRL. Obowiązki pełnił do 15 listopada 2023 roku.