W trakcie kampanii wrześniowej jednostka Hahna przeprowadzała masowe aresztowania i egzekucje, których ofiarami padli przede wszystkim przedstawiciele polskiej inteligencji oraz weterani powstań śląskich. Szlak jej przemarszu znaczyły także pogromy ludności żydowskiej. W Dynowie nad Sanem funkcjonariusze Einsatzkommando 1/I wypędzili z miasta wszystkich Żydów, których następnie przepędzono wpław przez rzekę na terytorium okupowane przez Armię Czerwoną (doszło przy tym do licznych mordów i podpaleń).
Po zakończeniu kampanii wrześniowej wraz z kierowanym przez siebie oddziałem operacyjnym objął siedzibę w Sanoku w budynku przy ul. Sienkiewicza 5, gdzie kierował komisariatem policji granicznej, utworzył placówki na granicy ze Słowacją i na Sanie z ZSRR, oraz w Baligrodzie, Dukli, Krośnie, Dynowie i Zasławiu (drugim oddziałem tego typu kierował w regionie Alfred Hasselberg). W Sanoku wraz ze swoim sztabem kwaterował od 26 września do 26 października 1939.