Pierwszym z nich było zlecenie w 1648 roku zbudowania w centrum placu obelisku egipskiego, otoczonego przez wielką fontannę, zaprojektowaną przez Berniniego.
Historia kościoła Sant’Agnese in Agone thumb|240px|Giovanni Battista Piranesi, Widok na Piazza Navona na ruinach Circo Agonale (akwaforta, XVIII w.) Papież podjął następnie plany budowy nowego kościoła, zlecając początkowo jego projekt Giovanniemu Battiscie Moli (1651), a następnie (1652) swemu nadwornemu architektowi, Girolamo Rainaldiemu. 3 września 1652 roku rozpoczęto wyburzanie starego kościoła Sant’Agnese, po czym ruszyły prace budowlane, nadzorowane przez projektanta nowego kościoła oraz jego syna Carlo. Projekt zakładał budynek centralny na planie krzyża greckiego z kopułą bez bębna. Fasadę miały flankować dwie wieże. Ponieważ projekt wywołał krytykę, papież zdecydował się odwołać Rainaldiego. W sierpniu 1653 roku kierownictwo robót przejął Francesco Borromini. Zmienił on projekt fasady kościoła, zwiększając jej wysokość. Kopułę postanowił oprzeć na wysokim bębnie. Część środkowa fasady z portykiem została cofnięta w stosunku do linii wież bocznych. Prace nabrały tempa. 7 stycznia 1655 roku zmarł papież Innocenty X, który przed śmiercią powierzył swemu kuzynowi Camillo Pamphili zadanie doprowadzenia budowy kościoła do końca.