Do zabytkowego wyposażenia świątyni należą: krucyfiks w stylu późnogotyckim z falistym ramieniem poprzecznym nawiązującym do Drzewa Życia z około 1520 roku, z symbolami ewangelistów w medalionach, prospekt organowy w stylu późnoklasycystycznym, chrzcielnica drewniana, w stylu rokokowym z około połowy XVIII wieku, dwa konfesjonały eklektyczne z I połowy XIX wieku, obraz Ukamienowanie św. Szczepana z II połowy XVII wieku, Biczowanie z początku XVIII wieku, monstrancja promienista z 1764 roku, umieszczona dawniej w kościele św. Trójcy w Braniewie, według napisu została wykonana przez złotnika Zrizewitza (Jana Zachariasza Krzyżewicza z Kurlandii), cztery świeczniki wykonane z cyny w XVIII wieku.
Pożar kościoła w 2016 roku thumb|left|Pożar kościoła św. Antoniego w Braniewie w dniu 3 stycznia 2016