W grudniu 1551 roku Juliusz III, na żądanie księcia Florencji Kosmy I, mianował trzech komisarzy Inkwizycji Rzymskiej, którymi zostali: benedyktyn Isidoro da Montauto, wikariusz arcybiskupa Florencji Nicolò Duranti oraz prepozyt florencki Alessandro Strozzi Rok później we Florencji odbyło się wielkie auto da fe, w czasie którego wiele osób podejrzanych o przynależność do sekty anabaptystów wyrzekło się swych poglądów i pojednało się z Kościołem. W 1560 we Florencji ustanowiona została stała nuncjatura Stolicy Apostolskiej. Nuncjusz był od tej pory głównym łącznikiem między inkwizytorami Toskanii a Kongregacją Świętego Oficjum w Rzymie. thumb|Pietro Carnesecchi W 1566 wielki książę Toskanii Kosma I Medyceusz wyraził zgodę na ekstradycję do Rzymu Pietro Carnesecchiego, jednego z liderów włoskiej reformacji. W tym samym czasie też papież Pius V odwołał komisarzy mianowanych przez Juliusza III i przywrócił pełnię uprawnień franciszkańskim inkwizytorom. W zamian jednak, książę uzyskał wpływ na nominacje inkwizytorskie i zastrzegł, że inkwizytorzy powinni, poprzez nuncjusza informować go o podejmowanych działaniach.