Piłkarze do 7 kolejki wspinali się na górę tabeli docierając do 3 miejsca, po dwóch z rzędu przegranych meczach wyjazdowych rozpoczął się powolny spadek, zakończony 10 miejscem na koniec rundy jesiennej. Władze klubu uznały, że stan spadkowy może się utrzymać i rozwiązały współpracę z Czesławem Michniewiczem zatrudniając Tomasza Hajtę, który do tej pory nie prowadził żadnego klubu na tym poziomie rozgrywkowym. Drużyna przez rundę wiosenną utrzymywała się pomiędzy 12-9 miejscem, kończąc sezon na 10 pozycji. Dobrą grą i skutecznością wykazał się Tomasz Frankowski, zdobywca 15 bramek (wicekról strzelców), do wyróżniających się piłkarzy należy dołączyć Tomasza Kupisza i Andriusa Skerlę.

Liga Europejska Dzięki zajęciu 4 miejsca w poprzednim sezonie Jagiellonia po raz drugi w swojej historii rozegrała mecze w ramach eliminacji do LE. Po zwycięstwie w Białymstoku z kazachskim Irtyszem Pawłodar wydawało się, że białostoczanie mają duże szanse na awans do II rundy.