Obecnie istniejący budynek sakralny został wzniesiony w 1867. Osiem lat później, wskutek likwidacji unickiej diecezji chełmskiej, miejscowa parafia unicka została administracyjnie włączona do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Od 1886 Bezek był siedzibą parafii prawosławnej, która działała nieprzerwanie do wyjazdu ludności prawosławnej na bieżeństwo w 1915. Parafia ta istniała również w okresie międzywojennym, najpóźniej od 1923, należąc ówcześnie do dekanatu chełmskiego diecezji warszawsko-chełmskiej PAKP. Była to jedyna w okolicy cerkiew, której po I wojnie światowej i odzyskaniu niepodległości przez Polskę nie zamknięto ani nie zaadaptowano na kościół. Wierni parafii bezkiej pochodzili z Bezka oraz z Mogilnicy.
Cerkiew pozostawała czynna do wysiedlenia ludności prawosławnej z Lubelszczyzny po II wojnie światowej. W latach 1958–1962 budynek sakralny dzierżawił Kościół narodowy. Przez kolejne dwadzieścia trzy lata obiekt był nieużytkowany i stopniowo popadał w ruinę. Od 1985 użytkowany jest (wydzierżawiony na czas nieograniczony) przez Kościół rzymskokatolicki.