Efektywną gospodarkę rybną w okolicy Zatora zapoczątkowano w XIV wieku (już w XII wieku rozwijało się tu wcześniejsze rybołówstwo). Legenda głosi, że pierwsze stawy wykopali tatarscy jeńcy. Inicjatorami budów byli miejscowi notable, co przejawia się w nazewnictwie akwenów – m.in. Staw Kasztelan czy Starosta. Gospodarka rybacka na ziemi zatorskiej ma charakter ciągły i była przekazywana z pokolenia na pokolenie, stąd mieszkańców tego rejonu nazywano potocznie w XIX i na początku XX wieku karpikami lub karpianami.
Obecnie hodowla karpi zatorskich prowadzona jest w następujących gminach: Zator, Spytkowice i Przeciszów (wspólny projekt Dolina Karpia – obszar ten obejmuje 134 km²Trzy Znaki Smaku). Nadal większość prac dwuletniego cyklu hodowlanego wykonywana jest ręcznie. Karmienie odbywa się pokarmem stawowym oraz za pomocą pszenicy, jęczmienia, pszenżyta i kukurydzy od lokalnych wytwórców.
28 lutego 2007 karp zatorski został wpisany na listę produktów tradycyjnych Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi w kategorii produkty rybołówstwa w województwie małopolskim. 20 maja 2011 nazwa „karp zatorski” została zarejestrowana przez Komisję