W 1993 roku odbył się ostatni lot rejsowy, a ostatni lot czarterowy w barwach narodowego przewoźnika miał miejsce w 1996 roku.
Tu-154M jako samoloty wojskowe Dwa samoloty Tu-154M w wersji Lux, o numerach bocznych 101 i 102, były wykorzystywane przez najwyższe władze państwowe, pozostając na stanie 36. Specjalnego Pułku Lotnictwa Transportowego i znajdując się w dyspozycji Kancelarii Prezesa Rady Ministrów. Ulegały częstym awariom; głośnym przypadkiem było awaryjne lądowanie w Kunming w Chinach Tu-154M, którym leciał w 2004 roku do Wietnamu premier Marek Belka; było ono spowodowane defektem turborozrusznika. W 2007 roku awaria Tu-154M spowodowała 10-godzinne opóźnienie w trakcie oficjalnej wizyty prezydenta Lecha Kaczyńskiego w Japonii. W 2010 doszło do awarii Tu-154M w czasie misji humanitarnej po trzęsieniu ziemi na Haiti.
Tu-154M nr 101
Samolot Tu-154M o numerze bocznym 101 został wcielony w 1990 roku. 10 kwietnia 2010 roku maszyna ta, z wysokimi rangą przedstawicielami polskich władz z prezydentem Lechem Kaczyńskim na czele, uległa katastrofie w pobliżu lotniska wojskowego Smoleńsk-Siewiernyj w Smoleńsku.