Przywódca pozwolił na utworzenie amerykańskiej bazy lotniczej celem ochrony Kanału Panamskiego, a po 1941 roku nakazał aresztować wszystkie osoby niemieckiego pochodzenia w Gwatemali.
Rewolucja gwatemalska Obalenie reżimu wojskowego thumb|Rząd rewolucyjny powstały w 1944 roku
Początek II wojny światowej spowodował zwiększenie niepokojów gospodarczych w Gwatemali. Ubico odpowiedział na zamieszki studenckie z początku czerwca 1944 roku zawiesił konstytucję i ogłosił stan wojenny. Starcia między wojskowymi a protestującymi trwały przez tydzień a bunt nabierał rozpędu. Pod koniec czerwca Ubico złożył rezygnację przed Zgromadzeniem Narodowym. Rezygnacja Ubico nie doprowadziła jednak do ustanowienia demokracji. Ubico wyznaczył trzech generałów którzy utworzyli juntę mającą wyłonić rząd tymczasowy. W skład triumwiratu weszli generałowie: Juan Federico Ponce Vaides, Eduardo Villagrán Ariza i Buenaventura Pineda. Kilka dni później Ponce Vaides siłą przekonał Kongres do wyznaczenia go na tymczasowego prezydenta. Ponce z jednej strony zobowiązał się do przeprowadzenia wolnych wyborów, a w tym samym czasie tłumił protesty, zawiesił wolność prasy i przeprowadzał samowolne aresztowania.