Powyżej Brodnicy rzeka płynie przełomowym odcinkiem w głębokiej na 50 m dolinie i wąskiej na 1–2 km koło Nowego Miasta Lubawskiego. Powyżej odcinka przełomowego dolina rozszerza się i jest użytkowana rolniczo. Ekologia Liczba i różnorodność siedlisk przyrodniczych wymienionych w załączniku nr 2 dyrektywy siedliskowej decyduje o wysokim potencjale ekologicznym Doliny Drwęcy. Należy ją traktować jako ponadregionalny ekosystem przyrodniczy. Z powodu swojej długości stanowi ważny korytarz ekologiczny o znaczeniu krajowym, który łączy Dolinę Wisły i Pojezierze Mazurskie. Rzeka jest korytarzem dla migracji minogów i ryb, natomiast dolina dla dużych ssaków i ptaków będących przedmiotem ochrony obszaru specjalnej ochrony ptaków Bagienna Dolina Drwęcy. Drwęca i jej dorzecze objęte jest krajowym programem restytucji ryb wędrownych, zaś rzeka Wel jest wymieniana jako jeden z głównych cieków dorzecza Drwęcy o walorach kwalifikujących go jako podstawowe tarlisko anadromicznych ryb wędrownych i siedlisko ryb prądolubnych. Na Drwęcy funkcjonuje obecnie 7 obrębów ochronnych ryb. Ponadto dorzecze rzeki Drwęcy powinno podlegać szczególnej ochronie, gdyż w jej dolnej części w Lubiczu wykorzystywane jest od 1978 r.