By się utrzymać, wraz z żoną otworzyli w Brighton pensjonat, który również nie prosperował zbyt dobrze. Gdy wybuchła druga wojna światowa dom Lindsayów został zrujnowany pierwszą bombą jaka spadła na miasto, co ostatecznie załamało pisarza. Zmarł 16 lipca 1945 r. na skutek infekcji zęba.
Twórczość „Podróż na Arktura” określa się jako jedną z najważniejszych powieści „underground” dwudziestego wieku. Sekret oczywistej oryginalności Lindsaya przypisuje się jego metafizycznym rozważaniom. Z pozycji gnostyka rozpatruje on świat „realny” jako iluzję, która musi być odrzucona, by osiągnąć rzeczywistą „prawdę”. W The Haunted Woman dwoje głównych bohaterów odkrywa pomieszczenie wydające się istnieć jedynie w szczególnym czasie. Podczas gdy przebywają tam oboje, widzą rzeczy bardziej wyraźnie i okazują się bardziej uczciwi. W The Violet Apple tytułowy owoc jest tym gatunkiem, który zjedzony został przez Adama i Ewę, a opis efektów jego działania jest zdumiewającym, lirycznym epizodem w powieści koncentrującej się raczej na zwykłych sprawach.