28 czerwca 1980 dwie jednostki wchodzące w skład Kompanii Obrony, dowodzone przez Rifata al-Asada i Mu'ina Nasifa dokonały na terenie więzienia masakry osadzonych związanych z Braćmi Muzułmańskimi (lub tylko podejrzewanych o członkostwo w organizacji). Był to odwet za próbę zabójstwa Hafiza al-Asada, jakiej dokonał dwa dni wcześniej członek Bractwa. Według różnych źródeł w Palmyrze zastrzelonych zostało wówczas ok. 550 lub od 500 do 1000 więźniów.
W ciągu pierwszy czterech lat po śmierci Hafiza al-Asada i przejęciu władzy przez jego syna Baszszara al-Asada (2000-2004) syryjski autorytaryzm został częściowo złagodzony. Więzienie w Palmyrze zostało zamknięte w 2001Syria: Mukhabarat and the desert prison. Zostało otwarte ponownie w 2011, po wybuchu protestów przeciwko al-Asadowi. W tym samym roku osadzono w nim ok. 350 osób podejrzanych o organizowanie manifestacji antyrządowych. Więzienie było pod wspólną kontrolą syryjskiego Wywiadu Wojskowego i policji wojskowej.
Więzienie zostało zajęte przez terrorystów z Państwa Islamskiego w maju 2015 razem z całą Palmyrą, lotniskiem i