Bezpośrednie działania NIE miała podjąć po rozwiązaniu Armii Krajowej 19 stycznia 1945. Organizacja została sparaliżowana po przypadkowym aresztowaniu gen. Emila Fieldorfa „Nila” (7 marca 1945) przez NKWD i zesłaniu go – nierozpoznanego – w głąb ZSRR oraz po aresztowaniu Komendanta Głównego NIE gen. Leopolda Okulickiego „Niedźwiadka” wraz z przywódcami Polskiego Państwa Podziemnego (27 marca 1945) i wywiezieniu do Moskwy, gdzie władze sowieckie wytoczyły im w czerwcu 1945 pokazowy „proces szesnastu”.

Osłabienie kierownictwa NIE wskutek aresztowania, niepodporządkowanie się szeregu dowództw AK nowej organizacji obok innych przyczyn spowodowało powołanie w jej miejsce 19 kwietnia 1945 r. Delegatury Sił Zbrojnych na Kraj (DSZ).

Kolejny komendant NIE – płk Antoni Sanojca w porozumieniu z dowódcą AK w likwidacji – płk. Janem Rzepeckim wystąpił do p.o. Naczelnego Wodza Polskich Sił Zbrojnych gen. Władysława Andersa o rozwiązanie NIE, co nastąpiło 7 maja 1945.

Organizacja NIE wedle swojego statutu była organizacją nastawioną przede wszystkim na działalność długoterminową.