Po drugiej wojnie światowej, już w gmachu obecnej siedziby muzeum zorganizowano szereg wystaw stałych i czasowych. Do najważniejszych należy zaliczyć wystawę z 1968 roku „Pradzieje Wielkopolski”, otwartą w 1995 roku wystawę „Bogowie, groby i mumie: droga do wieczności w starożytnym Egipcie”, czy nową wystawę „Pradzieje Wielkopolski” z 1997 roku. Zainteresowanie zwiedzających tematyką starożytnego Egiptu, zaowocowało otwarciem nowej wystawy poświęconej tej tematyce w 1998 roku. Działalność ówczesnego dyrektora Muzeum Archeologicznego – Lecha Krzyżaniaka związanej z problematyką archeologii śródziemnomorskiej spowodowało utworzenie w 2003 roku wystawy traktującej o starożytnym Sudanie.
Muzeum Archeologiczne prowadzi także działalność edukacyjną, skierowaną przede wszystkim do dzieci i młodzieży. Wykorzystując nowoczesne sale edukacyjne oraz multimedia, pracownicy przybliżają zainteresowanym tematykę związaną z działalnością wystawienniczą. Muzeum organizuje także konkursy wiedzy o archeologii i starożytnych cywilizacjach oraz prowadzi stowarzyszenia zajmujące się tematyką związaną z archeologią.