Pomimo kilku dobrych występów drużyna prezentowała przeciętną formę, po porażce w Poznaniu 6:1 z Lechem z posadą trenera pożegnał się Piotr Stokowiec.7 kwietnia 2014 roku Jagiellonia przywitała nowego-starego trenera Michała Probierza. Ostatecznie drużyna zakończyła rozgrywki na 11 miejscu, utrzymując się w ekstraklasie oraz zaliczając dobre występy w Pucharze Polski. Jagiellonia dotarła do półfinału, w którym przegrała z Zawiszą Bydgoszcz, jak się okazało później, zdobywcą tego trofeum.
Nagrody sezonu 2013/14 Krzysztof Baran - parada bramkarska sezonu (31 października 2013 roku w meczu z Lechem Poznań).
Tabele Ekstraklasy + SEZON ZASADNICZY Drużyna Bramki Uwagi 1 Legia Warszawa (m) 30 20 3 7 6030+30 63 32Grupa A(Mistrzowska) 2 Lech Poznań 30 15 8 7 5634+22 53 27 3 Ruch Chorzów 30 14 8 8 4038+2 50 25 4 Pogoń Szczecin 30 11 14 5 4738+9 47 24 5 Wisła Kraków 30 12 9 9 3830+8 45 23 6 Zawisza Bydgoszcz (b) 30 11 9 10 4337+6 42 21 7 Górnik Zabrze 30 11 9 10 4246-4 42 21 8 Lechia Gdańsk 30 10 10 10 3837+1 40 20 9 Cracovia (b) 30 11 6 13 3743-6 39 20 Grupa B(Spadkowa) 10 Jagiellonia Białystok 30 10 9 11 4643+3 39 20 11 Korona Kielce 30 9 10 11 3641-5 37 19 12 Śląsk Wrocław 30 7 13 10 3840-2 34 17 13 Piast Gliwice 30 8 10 12 2947-18 34 17 14 Podbeskidzie Bielsko-Biała 30 6 13 11 2739-12 31 16 15 Zagłębie Lubin 30 7 8 15 3140-9 29