We wrześniu 1942 roku został awansowany do stopnia SS-Hauptsturmführera. Na początku 1943 roku nadzorował likwidację obozu i zacieranie śladów jego działalności. Po likwidacji obozu w kwietniu 1943 roku jako dowódca oddziału 85 członków załogi obozu został przydzielony do 7 Ochotniczej Dywizji Górskiej SS „Prinz Eugen” i służył w Jugosławii.
Na początku 1944 roku nakazano mu powrócić do Chełmna i reaktywować działalność obozu, co stało się w marcu lub kwietniu 1944 roku. W reaktywowanym obozie Bothmann ponownie objął funkcję komendanta. Jego zastępcą mianowany został Walter Piller. Wówczas także osobiście brał udział w mordowaniu Żydów uwięzionych w obozie, miał wykazywać się szczególną brutalnością i okrucieństwem.
Od sierpnia 1944 roku nadzorował ostateczną likwidację obozu, przedłużał ją, chcąc uniknąć wysłania na front. W nocy z 17 na 18 stycznia 1945 roku rozkazał Williemu Lenzowi rozstrzelać ostatnią grupę żydowskich więźniów przetrzymywanych w obozie. Brał udział w pościgu za uciekającym Mordechajem Żurawskim. Po podjęciu przez więźniów buntu i zabiciu przez nich Lenza nakazał następnie podpalenie spichlerza, w którym przebywali Żydzi.