wkrótce jednak doszło do sporów francusko-hiszpańskich o podział królestwa, które doprowadziły do wojny między Francją a Hiszpanią. Hiszpanie odnieśli w 1503 zwycięstwa pod Cerignolą i nad Garigliano, a w 1504 ostatnie oddziały francuskie w Królestwie Neapolu skapitulowały w Gaecie. Tym samym całość Królestwa Neapolu znalazła się pod kontrolą Hiszpanii, która utrzymała je do 1707.
XVIII wiek W 1707, w toku wojny o sukcesję hiszpańską, Królestwo Neapolu zostało zajęte przez wojska koalicji antyburbońskiej; w wyniku tej wojny Królestwo Neapolu przeszło pod panowanie Austrii.
W wyniku wojny o polską sukcesję od 1735 Królestwa Neapolu i Sycylii znalazły się pod panowaniem młodszej linii Burbonów hiszpańskich (w osobie Karola, syna króla Hiszpanii Filipa V). W latach 1734–1759 Królem Neapolu był Karol VII (Carlo VII), który w 1734 (jeszcze jako Don Carlos) podbił na czele armii hiszpańskiej austriacki wówczas Neapol.