Po przyjeździe do stolicy poprowadziła sprawną reorganizację drużyn skautowych. Organizowała spotkania młodzieży z gimnazjów i szkół średnich mające na celu rozwinięcie wśród nich ducha patriotycznego. Prowadziła zajęcia dla dzieci w ogrodach jordanowskich. W 1915 Helena, jako przedstawicielka młodzieży, została włączona do Komendy Związku Skautek Polskich. Objęła również V Warszawską Drużynę Skautek im. Adama Mickiewicza. Rok później zajęła się nawiązywaniem kontaktów z drużynami na prowincjach – prowadziła wydział drużyn prowincjonalnych. Pod koniec 1916, gdy połączono wszystkie organizacje skautowe w jedną – Związek Harcerstwa Polskiego, Helena stanęła na czele sekcji żeńskiej, przekształconej później w Główną Kwaterę Żeńską. W 1917 wyjeżdżała wojskowymi pociągami sanitarnymi, aby nawiązać kontakt z drużynami w innych częściach kraju. W 1918, na zjednoczeniowym zjeździe w Lublinie (1-2 XI), gdy powołano Naczelną Radę ZHP, w jej skład weszła również Helena Gepnerówna.