Średnia, roczna wilgotność względna powietrza wynosi 82%.

Zgodnie z klasyfikacją klimatów Köppena leży w strefie klimatu tropikalnego monsunowego.

Hydrografia Laguna ma powierzchnię około 0,3125 km² i cechuje się średnią głębokością wynoszącą 3,85 m. Wody laguny zaliczane są do słonawych. Charakteryzują się ciemną barwą. Zasilana jest głównie przez 4 cieki – Quebrada de Adán, Quebrada de Arena, Quebrada La Bruja i Quebrada El Venado. Ich zanieczyszczenie nie jest duże, a dodatkowo mają zdolność samooczyszczania się, przez co nie są istotnym źródłem zanieczyszczenia laguny. Zagłębienie lagunowe ma powierzchnię 1,52 km².

Laguna, wraz z Laguna El Cuatro i okolicznymi potokami oraz strumieniami, tworzy ekosystem Sistema de Humedales de la Laguna El Cacao (System Terenów Podmokłych Laguna El Cacao).

Fauna Zbiornik jest ważną ostoją dla wielu gatunków zwierząt.