Kontrowersja nr 2 Działalność Index Copernicus podawana jest w wątpliwość w wyniku zamieszczenia bazy ICI Journals Master List na liście fałszywych metryk bibliometrycznych przez amerykańskiego autora Jeffreya Bealla (rok ostatniej edycji listy: 2016). Powody, dla których Jeffrey Beall uznał bazę indeksacyjną za fałszywą to np.: pobieranie opłat za indeksację, występowanie frazy „Impact Factor” w nazwie wyliczanego wskaźnika, czy też nieoryginalna i nienaukowa metodyka oceny czasopism. Kontrowersyjność dzieła Bealla spowodowała powstanie kilku publikacji powielających zarzuty znajdujące się na liście. Powody, dla których inni autorzy uznają bazę Index Copernicus za fałszywą a proces oceny czasopisma jako bezwartościowy to przyznawanie wyższej punktacji dla czasopism względem takich tytułów jak „Science” czy „Nature” oraz powoływanie się na posiadanie wskaźnika wyliczanego przez Index Copernicus przez czasopisma uznane za „drapieżne”.