W czerwcu 1943 jego partyzanci wysadzili budynek centralnego telegrafu w Żytomierzu, drukarnię gazety „Głos Wołynia” i siedzibę Gebietskommissariatu, ciężko raniąc Gebietskommissara, a jego zastępcę zabijając. W lipcu 1943 wysadzili elektrownię, wodociąg i rurociąg. Wielokrotnie zrywali łączność telegraficzną między Berlinem a Kijowem. Łącznie od marca 1942 do 20 sierpnia 1944 oddział im. Dzierżyńskiego wykoleił 48 pociągów, wysadził 3 pociągi pancerne, strącił 2 samoloty wroga, wysadził 10 mostów kolejowych i drogowych, zabił ok. 2 tysięcy Niemców i zdobył wiele broni, amunicji i żywności.
Uchwałą Prezydium Rady Najwyższej ZSRR z 5 listopada 1944 „za wzorowe wykonywanie zadań bojowych dowodzenia i przejawianie przy tym bohaterstwa i odwagi” J. Mirkowski otrzymał tytuł Bohatera ZSRR.
Od października 1943 do 15 maja 1945 był funkcjonariuszem NKWD i NKGB ZSRR w Moskwie, 15 kwietnia 1944 mianowany podpułkownikiem bezpieczeństwa państwowego, następnie pułkownikiem.