W styczniu 1946 został powołany na stanowisko kierownika Katedry Botaniki Ogólnej na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika, w tym samym roku uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego. W 1946 zorganizował, a następnie do 1974 kierował toruńskim oddziałem Polskiego Towarzystwa Botanicznego, od 1968 członek honorowy tego towarzystwa. 23 lipca 1952 został powołany na stanowisko kierownika Zespołu Katedr Botanicznych Wydziału Matematyczno- Przyrodniczego UMK i na tym stanowisku został do czasu przejścia na emeryturę w 1965.
Dorobek naukowy Dorobek Jana Wojciecha Zabłockiego obejmuje opracowania dotyczące botaniki i paleobotaniki m.in. monografia występującego w Polsce rodzaju Viola opublikowana w 1947 w ramach Flory Polskiej. Opracował również materiały dotyczące flory kopalnej w pokładach soli w Wieliczce. Kolekcjonował błonkówki pszczołowate (Apoidea) oraz chrząszcze (Coleptera).