W 2. połowie 1918 i 1. połowie Lynch służył w United States Navy po przystąpieniu Stanów Zjednoczonych do I wojny światowej. Będąc w marynarce wziął udział 31 marca 1919 w turnieju bokserskim w Londynie, gdzie przegrał na punkty z Jimmym Wilde'em. Po walce ówczesny książę Wall, późniejszy król Edward VIII, wszedł do ringu, by osobiście pogratulować zwycięzcy. thumb|left|Książę Walii gratuluje Wilde'owi zwycięstwa nad Joe Lynchem (mal. William Howard Robinson) 1 września 1919 wygrał zdaniem prasy dziesięciorundową walkę z ówczesnym mistrzem świata w wadze koguciej Pete'em Hermanem. W rewanżu 12 listopada według prasy lepszy był Herman. W następnym roku Lynch stoczył zwycięskie zdaniem prasy walki m.in. z Memphis Pal Moore'em (z którym również zremisował) i Charlesem Ledoux, a także znokautował 5 listopada Abego Goldsteina w 1. rundzie.
22 grudnia 1920 w Madison Square Garden w Nowym Jorku Lynch zdobył tytuł mistrza świata w kategorii koguciej pokonując na punkty Pete'a Hermana. Stoczył potem dziewięć pojedynków no decision, a w rewanżowej walce o tytuł mistrzowski 25 lipca 1925 w Nowym Jorku uległ na punkty Hermanowi.
Joe Lynch kontynuował karierę bokserską i 10 lipca 1922 ponownie został mistrzem świata wagi koguciej po zwycięstwie przez techniczny nokaut w 14.