papież potwierdził przynależność budynku i związanego ze świątynią majątku do duchowieństwa rytu bizantyjskiego (greckiego), jednak w miarę słabnięcia tegoż obrządku i eliminowania z Sycylii śladów dawnego panowania bizantyjskiego miejsce kultu straciło na znaczeniu. Dwunastu kanoników kolegiaty zostało podporządkowanych łacińskiemu duchowieństwu z Cappella Palatina w Pałacu Normańskim, jednak obrządek bizantyjski obowiązywał w świątyni jeszcze do 1435. W 1431 król Alfons V Aragoński wydał przywilej, w którym zwrócił świątyni jej dawne dobra. Cztery lata później, na mocy bulli papieża Eugeniusza IV, kościół został przekazany położonemu w jego sąsiedztwie klasztorowi benedyktynek.
W 1558 kościół został gruntownie przebudowany. Zmieniono jego rozplanowanie, likwidując wewnętrzny narteks, nakrywając dachem dawne atrium, burząc fasadę i wznosząc nową. Przebudowa zatarła pierwotny wygląd obiektu i doprowadziła do zniszczenia wielu elementów dawnej dekoracji w stylu bizantyjskim. Świątynia była czynna do 1866, gdy został zlikwidowany administrujący nią klasztor benedyktyński. Kościół został uznany za zabytek, został odrestaurowany pod kierunkiem Giuseppe Patricolo.