W 2007 roku jego kontrakt z Brumbies nie został odnowiony, a Burgess pomiędzy sierpniem a październikiem wziął udział w jedynym rozegranym sezonie rozgrywek Australian Rugby Championship. Przydzielony został do drużyny Melbourne Rebels, z którą doszedł do finału, indywidualnie uplasował się zaś w czołówce walcząch o miano najlepszego zawodnika. Ewen McKenzie ściągnął go dwuletnim kontraktem do Waratahs, gdzie ponownie miał pełnić rolę trzeciego łącznika młyna, tym razem za Joshem Valentine i Brettem Sheehanem. Już w połowie pierwszego sezonu uzyskał miejsce w wyjściowej piętnastce, a jego zespół dotarł do finału rozgrywek Super 14. Wkrótce przedłużył kontrakt o kolejny dwuletni okres będąc w tym czasie podstawowym graczem na swojej pozycji i przekraczając liczbę pięćdziesięciu występów w stanowych barwach.