W 1891 odbył ekspedycję w rejon rzek Kołyma i Indygirka. Zmarł podczas wyprawy w dolny bieg Kołymy. Jego grób z obeliskiem znajduje się w jakuckiej miejscowości Kołymskoje położonej 30 km od miejsca śmierci.
Jan Czerski odbył wiele wypraw badawczych, głównie pod egidą Rosyjskiego Towarzystwa Geograficznego. W ekspedycjach często towarzyszył mu Mikołaj Witkowski. Bolesław Mrówczyński napisał powieść biograficzną o Janie Czerskim pt. „Błękitny trop” (Nasza Księgarnia, Warszawa 1961).
Prace Rezultaty badań jeziora Bajkał – wyd. 1886; Do geologii Azji Środkowej – wyd. Prace San Petersburskiego Towarzystwa Badaczy Przyrody t. 17 – 1886.
Upamiętnienie thumb|upright|Jan Czerski, Irkuck 1879 Nazwisko Czerskiego występuje w kilku nazwach geograficznych. Góry Czerskiego – łańcuch górski w Jakucji i obwodzie magadańskim, taka nazwa pojawiła się na mapach w roku 1924 z inicjatywy radzieckiego badacza tych gór, Siergieja Obruczewa. Góry Czerskiego – pasmo górskie na Zabajkalu, w rejonie miasta Czyta. Góra Czerskiego – najwyższy szczyt Gór Bajkalskich. Dolina Czerskiego – dolina rzeki Kandat u stóp Sajanów. Szczyt Czerskiego – jeden z najwyższych szczytów gór Chamar-Daban i jeden z najliczniej odwiedzanych przez turystów szczytów rejonu Bajkału. Kamień Czerskiego – szczyt Grzbietu Nadmorskiego koło Listwianki nad źródłami