Rozporządzenie obwarowane groźbą utraty życia dla nieposłusznych rozpoczęło trwające kilka dziesięcioleci krwawe prześladowania chrześcijan. U przełożonych wyprosił zgodę na pozostanie i działalność w ukryciu dzięki czemu kontynuował misje na wyspie Gotō przez kolejne trzy lata. Aresztowany został gdy zadenuncjowano jego posługę kapłańską 21 kwietnia 1617 roku. Więziony był w Ōmurze i Koori (Prefektura Fukushima) wraz z franciszkaninem Piotrem od Wniebowzięcia. Wspólnie odprawiali Msze Święte, pokuty, modlitwy i wspierali się duchowo. Gdy poinformowano ich o wyroku śmierci udzielili sobie sakramentu pokuty i pojednania z radością poddając się egzekucji umacniając w wierze obecnych współwyznawców. Stracono ich przez ścięcie 22 maja 1617 roku na wzgórzach pod Koori.
Znaczenie thumb|240px|Wizerunek z 1650 r. ilustrujący śmierć Jana Chrzciciela Machado. Jan Chrzciciel Machado był pierwszym zabitym jezuitą od czasu masakry Męczenników z Nagasaki z 5 lutego 1597.