W marcu 2014 doznał urazu pleców, przez który nie wystąpił już w żadnym spotkaniu do końca sezonu. Na kilka dni przed draftem Embiid poddał się operacji prawej stopy, która miała wykluczyć go z gry na okres od czterech do sześciu miesięcy. Ostatecznie stracił cały sezon 2014/15. W sierpniu 2015 Embiid przeszedł kolejną operację prawej stopy, która uniemożliwiła mu grę w kolejnym sezonie.
4 października 2016, po ponad dwóch latach od ostatniej gry, Embiid ponownie pojawił się na parkiecie w meczu przedsezonowym przeciwko Boston Celtics. W związku z poważnym ryzykiem odnowienia kontuzji posiadał limit rozgrywanych minut na spotkanie oraz opuszczał mecze rozgrywane dzień po dniu. W lutym 2017 doznał urazu lewego kolana, a 24 marca przeszedł operację, przez którą opuścił resztę sezonu. W pierwszym sezonie na zawodowych parkietach wystąpił w zaledwie 31 spotkaniach, notując średnio 20,2 punktu i 7,8 zbiórek w 25 minut. Mimo opuszczenia większości spotkań w sezonie Embiid znalazł się w najlepszej piątce debiutantów sezonu 2016/17.