Padł ofiarą nagonki na „papistów”, prowadzonej szczególnie bezkompromisowo przeciwko duchowieństwu katolickiemu realizującemu powołanie wśród wiernych pozostając w łączności ze Stolicą Apostolską i uznających za głowę Kościoła katolickiego papieża wbrew obowiązującemu Aktowi supremacji. Aresztowany 29 września 1678 roku za sprawą pomówienia i osadzony w więzieniu Newgate. Postawiono go przed sądem razem z jezuitą ojcem Wilhelmem Irelandem i Janem Grove pod zarzutem udziału w fikcyjnym tajnym porozumieniu mającym na celu zabójstwo protestanckiego króla Karola II. Oskarżonego na podstawie fałszywych zeznań i mimo braku innych dowodów winy 17 grudnia 1678 roku skazano na śmierć. Wyrok przez powieszenie i poćwiartowanie wykonano 5 maja 1679 roku w Tyburn. Relikwie przechowywane są w Opactwie Downside.
Tomasz Pickering znalazł się w pierwszej grupie skazanych na śmierć za udział w sfabrykowanych przez anglikańskiego pastora Tytusa Oatesa knowaniach. Beatyfikacji męczennika dokonał papież Pius XI 15 grudnia 1929.