Metodyści tworzą obecnie największy Kościół protestancki w kraju. Jako pierwszy przybył amerykański misjonarz w 1885 roku i prowadził działalność w Singapurze. Następnie przybywali pastorzy z Wielkiej Brytanii, Australii, z Chin, Indii i Cejlonu. Kościół Metodystyczny był silnie zaangażowany w edukację prowadząc 35 szkół podstawowych i 43 średnich. Większość z nich obecnie są pod nadzorem rządu. Metodyści działają również w placówkach medycznych, rolnictwie, przy rozwoju obszarów wiejskich i w domach kultury.
Kościół Ewangeliczny Borneo jest trzecią denominacją pod względem liczby wiernych. Został założony w 1963 roku i obecnie ma 1090 zborów w różnych grupach etnicznych. Misja Ewangeliczna Bornego z Australii zapoczątkowała ruch w 1928 roku.
W latach 90. XX wieku znaczący wzrost odnotowały niezależne kościoły ruchu charyzmatycznego.