razem z Pavlem Rosenthalem i Alfredem Katzem wszedł w skład Komitetu Centralnego Bundu. W 1901 roku uczestniczył w kongresie partii w Białymstoku. Przywódcy partii byli wówczas podzieleni na dwie grupy. Do pierwszej z nich należeli działacze tacy jak: Henryk Ehrlich, Wiktor Alter i Emanuel Nowogrodzki, do drugiej zaś przedstawiciele tak zwanej „dynastii wileńskiej”, do której obok Jekutiela Portnoja należeli jeszcze Arkady Kremer i Władimir Kossowski. Głównym powodem tego podziału był pogląd na kwestię nacjonalizmu żydowskiego; Portnoj uważał, że żądanie narodowo-kulturalnej autonomii jest przedwczesne.

W 1903 roku brał udział w zjeździe Socjaldemokratycznej Partii Robotniczej Rosji. Podczas rewolucji w 1905 r. był ponownie aresztowany. Od 1908 roku mieszkał w Warszawie. Po zalegalizowaniu działalności Bundu zaczęły powstawać instytucje o charakterze kulturalno-oświatowym; w 1916 r. zaczęto wydawać pierwszą legalną gazetę – „Lebnsfragn”;