W 1990 roku Lainer wrócił do Austrii Salzburg. W sezonach 1993/1994 i 1994/1995 wywalczył dwa mistrzostwa Austrii. W kwietniu i maju 1994 wystąpił w obu przegranych 0:1 meczach finału Pucharu UEFA z Interem Mediolan. W 1996 roku odszedł z Austrii do drugoligowego SV Gerasdorf. W 1998 roku zakończył w nim swoją karierę.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1978/79 Austria Salzburg Bundesliga 6 0 1979/80 Austria Salzburg Bundesliga 23 0 1980/81 Austria Salzburg Bundesliga 22 3 1981/82 Austria Salzburg Bundesliga 35 5 1982/83 Rapid Wiedeń Bundesliga 29 6 1983/84 Rapid Wiedeń Bundesliga 29 3 1984/85 Rapid Wiedeń Bundesliga 29 4 1985/86 Rapid Wiedeń Bundesliga 33 3 1986/87 Rapid Wiedeń Bundesliga 20 7 1987/88 Rapid Wiedeń Bundesliga 19 0 1988/89 FC Swarovski Tirol Bundesliga 32 7 1989/90 FC Swarovski Tirol Bundesliga 34 4 1990/91 Austria Salzburg Bundesliga 33 2 1991/92 Austria Salzburg Bundesliga 28 2 1992/93 Austria Salzburg Bundesliga 28 6 1993/94 Austria Salzburg Bundesliga 31 3 1994/95 Austria Salzburg Bundesliga 34 1 1995/96 Austria Salzburg Bundesliga 32 1 1996/97 SV Gerasdorf Erste Liga 13 3 1997/98 SV Gerasdorf Erste Liga ?