Parafia Świętych Apostołów Filipa i Jakuba w Mystkowie – parafia rzymskokatolicka znajdująca się w diecezji tarnowskiej, w dekanacie Nowy Sącz Wschód.
Historia parafii Powstanie parafii w Mystkowie wiąże się z powstawaniem nowych osad i procesem kolonizacji na prawie magdeburskim. Z chwilą zakładania wsi „na surowym korzeniu” lokator wydzielał z ogólnej liczby łanów nowej osady 1 lub 2 łany ziemi na uposażenie przyszłego kościoła parafialnego. Parafia Mystków powstała z fundacji królowej Jadwigi i Władysława Łokietka w latach 1320–1326.
Parafia rozwijała się dosyć szybko. Ludność parafii w pierwszej połowie XIV w. szacuje się na 390 osób. W 1728 roku przystąpiło do komunii wielkanocnej 599 osób, zaś w 1793 roku ok. 1200; parafia zaś liczyła 1500 osób. Około 1580 roku uruchomiono szkołę parafialną.
Najstarszą budowlą okołokościelną, istniejącą do dzisiaj, jest kaplica cmentarna pw. św. Izydora zbudowana w 1790 roku, z fundacji Karola Brunickiego. Jesienią 2009 roku została odremontowana i odmalowana.