Do kolejnego kryzysu doszło po śmierci Azza VIII w 1308 roku. Przed śmiercią próbował on przekazać władzę nad Ferrarą swemu wnukowi Fulko, czym wywołał sprzeciw swoich braci. Franciszek zwrócił się wówczas o pomoc do Padwy i papieża. Ostatecznie Frescowi, nieślubnemu synowi Azza, VIII udało się utrzymać w Ferrarze przy pomocy Wenecjan do października 1308 roku. W październiku jego syn Fulko wezwał na pomoc wojska weneckie. W 1310 roku Wenecjan wyparły z Ferrary wojska papieskie. Na kilka lat Ferrara znalazła się pod bezpośrednim zarządem papieża. Aldobrandino II pozostawał jedynie jej formalnym seniorem. Dodatkowo w 1308 roku utracił Modenę, której nie odzyskał aż do śmierci. Od 1308 do 1336 istniała tam republika, ostatecznie podbita przez jego dziedziców.
Na skutek powstania ludowego z 1317 roku władza została rzeczywiście przywrócona w ręce rodu d’Este. Po wypędzeniu papieskiego zarządcy w Ferrarze przywrócono signorię, którą powierzono synom Franciszka d’Este: Azzowi IX i Bertoldowi oraz synom Aldobrandina: Rinaldowi II, Mikołajowi I i Obizzowi III. Aldobrandino zmarł w 1326 roku w Bolonii.