Pod względem terytorialnym Kościół podzielony jest na trzy diecezje (zjednoczenia): Diecezję Południową (z siedzibą w Krakowie), Wschodnią (z siedzibą w Warszawie) i Zachodnią (z siedzibą w Poznaniu). W skład diecezji wchodzą zbory (parafie) kilku okręgów (województw, powiatów). Każda diecezja w ciągu kadencji jest kierowana przez Radę Diecezji i Zarząd Diecezji, które zostają wyłonione podczas posiedzeń walnych zjazdów (synodów) diecezji, odbywających się co 4 lata. W skład rady wchodzą członkowie zarządu diecezji (przewodniczący, sekretarz i skarbnik), kierownicy sekretariatów (oddziałów, departamentów) przy zarządzie diecezji oraz inni duchowni i świeccy, wybrani przez zjazd.
Podstawową jednostką organizacji terytorialnej Kościoła jest zbór, zrzeszający wiernych danego terenu.