Na stacji krzyżują się trzy linie kolejowe. Linia kolejowa Treuchtlingen-Würzburg (nr 5321) jest dwutorową i zelektryfikowaną główną linią z maksymalną prędkością 160 km/h. Jest on wykorzystywana w transporcie regionalnym i międzymiastowym, w tym ICE z Monachium do północnych Niemiec. Ponadto od Gunzenhausen wybiegają dwie trasy do Nördlingen i do Pleinfeld (obie nr 5330) jednotorowe i niezelektryfikowane. Linia do Pleinfeld jest wykorzystywana w ruchu regionalnym, natomiast linia do Nördlingen jest obsługiwany tylko w ruchu towarowym i muzealnym.
Historia Stacja kolejowa Gunzenhausen została otwarta 20 sierpnia 1849 w połączeniu z linią Oettingen-Gunzenhausen Ludwig-Süd-Nord-Bahn. W dniu 1 października 1849 roku linię przedłużono do Schwabach. 1 marca 1854 cała Ludwig-Süd-Nord-Bahn z Hof została otwarta. Linia została przeprowadzona przez Nördlingen i Gunzenhausen, ponieważ bezpośrednia droga przez Wyżynę Frankońską była nieekonomiczna. 1 lipca 1859 roku otwarto linię kolejową do Ansbach i połączyła miasto z Ludwig-Süd-Nord-Bahn. W dniu 1 lipca 1864 ta linia została przedłużona do Würzburga i 2 października 1869 nastąpiła rozbudowa linii z Gunzenhausen do Treuchtlingen. W dniu 1 października 1906 linia Norymberga-Augsburg, która biegła przez Treuchtlingen i Wyżynę Frankońską, została otwarta.