Stanowiła także siedzibę władz Polskiego Państwa Podziemnego oraz miejsce funkcjonowania szczególnie silnych i dobrze zorganizowanych struktur ruchu oporu. Generalny gubernator Hans Frank zapisał w swoim dzienniku pod datą 14 grudnia 1943: „Mamy w tym kraju jeden punkt, z którego pochodzi wszystko zło: to Warszawa. Gdybyśmy nie mieli Warszawy w Generalnym Gubernatorstwie, to nie mielibyśmy 4/5 trudności, z którymi musimy walczyć. Warszawa jest i pozostanie ogniskiem zamętu, punktem, z którego rozprzestrzenia się niepokój w tym kraju”.
Od pierwszych dni okupacji Niemcy stosowali zakrojony na szeroką skalę terror wobec ludności stolicy. Był on wymierzony w pierwszym rzędzie w przedstawicieli polskich elit politycznych i intelektualnych, społeczność żydowską oraz osoby w jakikolwiek sposób powiązane z ruchem oporu. Pod błahymi pretekstami nagminnie stosowano zasadę odpowiedzialności zbiorowej. Warszawskie więzienia i areszty – Pawiak, areszt śledczy przy ul. Daniłowiczowskiej, więzienie mokotowskie, piwnice siedziby Gestapo w al. Szucha – zapełniły się aresztowanymi. Codziennością stały się uliczne łapanki, wywózki na roboty przymusowe, deportacje do obozów koncentracyjnych i zbiorowe egzekucje. Więźniów politycznych z Warszawy rozstrzeliwano zazwyczaj w tajemnicy, w okolicach niedostępnych dla osób postronnych.