Samolot podążał za ścieżką schodzenia precyzyjnie, ale tak naprawdę znajdował się prawie 400 metrów za nisko. Załoga pozwoliła zejść maszynie poniżej minimalnej wysokości bez potwierdzenia ze strony systemów, w którym dokładnie miejscu się znajdują. W samolocie nie rozbrzmiały ostrzeżenia GPWS Ground Proximity Warning System o niebezpiecznym zbliżaniu się do podłoża.
Kontrola lotu nie przekazywała załodze żadnych informacji dotyczących pozycji bądź odległości od pasa numer 14, na którym maszyna miała wylądować. Kontroler lotu nie zauważył, iż lot 404 znajduje się poniżej ścieżki schodzenia, mimo iż był wyposażony w drugi radar wskazujący, na jakiej wysokości samoloty się znajdują. Dwa niezależne testy wykazały, że kontynuowanie odejścia na drugi krąg uchroniłoby lot 404 przed katastrofą i że piloci nie postępowali w 100% zgodnie z procedurami Alitalia.
Raport końcowy, datowany na 24 czerwca 1992, został rozesłany do zainteresowanych stron. Ostatnie spotkanie komisji odbyło się 27 stycznia 1993 roku. Wtedy to oficjalnie śledztwo zostało zamknięte, a raport końcowy ostatecznie zatwierdzony.