Górna kora jest pseudoparenchymatyczna, zbudowana z komórek o średnicy 4–6 μm. Plecha zawiera glony protokokkoidalne, ich komórki o średnicy 5–10 μm tworzą oddzielone od siebie pionowe szeregi.
Licznie występują owocniki. Są to perytecja prawie całkowicie lub przynajmniej w ¾ zagłębione w areolkach. Ich czarne, nieco wypukłe egzotecja mają średnicę 0,1–0,18 mm, wokół ostioli są lekko wklęsłe. Brunatnoczarne i kuliste ekscypulum ma średnicę 0,2–0,3 mm. Inwolukrelum jest pełne, przylegające do ekscypulum. Dwutunikowe worki mają rozmiar 70–90 x 20–30 μm. W jednym worku powstaje po 8 jednokomórkowych, elipsoidalnych zarodników o rozmiarach 17–27 × 8–13 μm. Wstawki (parafizy) dość wcześnie zanikają, występują natomiast peryfizy. Pyknid brak.
Reakcje barwne: wszystkie negatywne. Kwasów porostowych brak.
Występowanie i siedlisko Brodawnica czarniawa jest szeroko rozprzestrzeniona w Ameryce Północnej, Europie i Australii. W Azji znane jest jej występowanie tylko w Syrii, Iranie i Korei, w Afryce tylko w Algierii.