Ofiarą represji niemieckich padła żydowska rodzina Arditis ze Szkodry, której członkowie zostali aresztowani i zamordowani.
Przypadki aresztowania i deportacji Żydów na terenie Albanii były incydentalne i wiązały się najczęściej z działalnością osób pochodzenia żydowskiego w ruchu oporu. Największą deportację Żydów z Kosowa przeprowadzili w kwietniu 1944 żołnierze albańsko-niemieckiej 21 Dywizji SS-Skanderbeg. 281 Żydów aresztowanych w Prisztinie trafiło do obozu w Bergen-Belsen, w którym połowa deportowanych zmarła. W 1944 liczba Żydów na terytorium Albanii sięgała 1800 osób
W okresie komunizmu Większość Żydów, która przeżyła wojnę w Albanii w latach 1946–1947 wyemigrowała do Izraela i Stanów Zjednoczonych. Stosunkowo niewielka społeczność, licząca kilkadziesiąt osób przetrwała w Albanii okres komunizmu. Z uwagi na izolację Albanii w okresie rządów Envera Hodży społeczność ta nie nawiązywała samodzielnie kontaktów ze światem zewnętrznym, nie utrzymywała synagogi ani domów modlitwy.